Nome: BioInformática

Instrutor: Maria Ximena Torres Delgado

Informações Pessoais: Pós-Doutorado e Doutorado em Engenharia Elétrica pela Universidade de São Paulo, tendo como Título do Projeto: "Parallel Data Mining Genetic Database",2001. Engenheira Eletricista formada pela Universidade del Valle, Colômbia. 1991. Atualmente professora do departamento de Ciencia da Computação, do Instituto de Matemática da USP.

Projeto de Pesquisa Atual: Projeto de iniciação científica: “Análise de ferramentas computacionais para incrementar o desempenho da plataforma paralela Biowulf/IME” que tem como objetivos: estudar e fazer análise de desempenho do programa de gerenciamento de tarefas: OpenPBS. E estudar e fazer análise de desempenho do protocolo leve GAMMA sobre um cluster de 16 PCs interconectados por um comutador FastEthernet 100 Mbits/s. Meu aluno tem bolsa PIBIC da CNPq desde março 2003. Apresentou o poster: “Analise de desempenho de um sistema de gerenciamento de jobs em clusters de PCs” no 11 o. Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo.

http://www.usp.br/siicusp/11osiicusp/index_2003.htm

Descrição: 'Soluções paralelas para alguns problemas de bioinformática'

Resumo: Introdução à Bioinformática e seus problemas;

Princípios de Biologia Molecular, RNA, DNA, proteínas. Seqüenciamento genômico e montagem de fragmentos de DNA. Busca em bancos de dados de seqüências biológicas, BLAST. Alinhamento de seqüências, similaridade, homologia, alinhamento local, global, scores, matrizes. Algoritmos para solução de problemas de Biologia Molecular. Inteligência Artificial aplicada à Bioinformática. Explicação da implementação paralela do MPIBlast e demonstração prática do funcionamento do mesmo. Apresentação do GCLASS-Paralelo: um programa paralelo utilizado para a identifição de gens que participam em um processo biológico específico. Explicação de alguns algoritmos de agrupamento (clustering) e demonstração prática de seu funcionamento.

Pre-requisitos: conhecimentos de programação paralela, desejável conhecimento de técnicas de reconhecimento de padrões.

Email: mailto:mxtd2000@yahoo.com.br